Se déroulant des décennies après *Ender Lilies* dans le même univers, *Ender Magnolia* prend place dans le Royaume des Vapeurs, une contrée servie par des êtres artificiels assimilables à des machines, appelés Homoncules. Un gaz toxique émanant des profondeurs a corrompu nombre de ces Homoncules, les plongeant dans la folie et les rendant violents. L'histoire suit Lilac, une jeune fille dotée du rare don d'« Accordeuse » capable de purifier cette corruption, alors qu'elle s'éveille dans un laboratoire abandonné sans aucun souvenir de son passé. Accompagnée par Nola, un Homoncule loyal, elle se lance à travers ce royaume en déclin pour purifier les infectés, percer le mystère de ses origines et trouver un moyen de sauver la région.