Clank est en mission. Son meilleur ami, Ratchet, a été piégé par un ennemi impitoyable et incarcéré pour un crime qu'il n'a pas commis. Pire encore, la prison de haute sécurité où se trouve Ratchet est remplie des criminels les plus dangereux de l'univers, dont la plupart font déjà la queue pour accueillir personnellement Ratchet dans sa nouvelle cellule. Heureusement pour Ratchet, il peut compter sur Clank à l'extérieur, et heureusement pour Clank, il est le genre de petit robot intelligent qui garde son sang-froid sous la pression et qui s'y connaît pour traquer un ennemi mystérieux. C'est pourquoi, en tant qu'agent secret Clank, il se lance sur la piste des indices pour percer le mystère, obtenir la libération de Ratchet et sauver la galaxie !